Институти тибби ветеринарӣ бо Маркази миллии ташхиси байторӣ, Донишгоҳи аграрии Тоҷикистон ба номи Ш. Шоҳтемур, Институти илмӣ-тадқиқотии кимиёи АИ ҶТ, Донишгоҳи миллии Тоҷикистон, Институти чорводорӣ, Маркази инноватсионии биологӣ ва тиббии АИ ҶТ, Институти зоология ва паразитологияи АИ ҶТ, Донишгоҳи тиббии ба номи Абуали ибни Сино ҳамкории илмӣ дорад. Институт инчунин бо марказҳои илмии хориҷи кишвар - Институти илмӣ-тадқиқотии вирусология ва микробиологияи ветеринарии ш. Покров, Институти илмӣ-тадқиқотии ветеринарии ш. Москва, Институти ҳимояи ҳайвоноти ш. Юрови вилояти Владимир, Донишгоҳи аграрии ба номи П.А. Столипини ш. Омск, Академияи ветеринарии ш. Москва ба номи Скрябин, Институти илмӣ – таҳқиқотии ветеринарии парандапарварии Санкт - Петербурги Федератсияи Россия, Институтҳоии илмӣ-тадқиқотии ветеринарии Қазоқистон (Каз НИВИ) ва Қирғизистон, Коллеҷи тиббии ветеринарии Донишгоҳи Корнели Иттакаи Ню-Йорк, Институти микробиологияи Академияи илмҳои Ҷумҳурии Мардумии Чин, инчунин бо ташкилотҳои байналмилалӣ – Агентии амнияти радиоӣ ва радиатсионӣ (IAEA) ва Маркази байналмилалии илмию техникӣ ҳамкорӣ дорад.