Институт ветеринарной медицины сотрудничает с Национальным ветеринарно-экспертным центром, Таджикским аграрным университетом им. Ш. Шахтемура, Научно-исследовательским институтом химии Академии наук Республики Таджикистан, Национальным университетом Таджикистана, Институтом разведения животных, Центром биологических и медицинских инноваций АН РТ, Институтом зоологии и паразитологии Академии наук РТ.
Институт также сотрудничает с зарубежными научными центрами — Научно-исследовательским ветеринаринарным институтом вирусологии и микробиологии г.Покров, Ветеринарным научно-исследовательским институтом г.Москва, Институтом защиты животных г.Юрьевец, Владимирской области, Аграрным университетом имени П.А. Столипна г.Омск, Ветеринарнаой Академией, имени Скрябина г.Москва, Всесоюзным ветеринарным научно-исследовательским институтом болезней птиц г.Санкт-Петербург, Российская Федерация, Казахстанским научно-исследовательским ветеринарным институтом (Каз НИВИ) и Колледжем ветеринарной медицины Корнелльского университета, Нью-Йорк, сотрудничает с Институтом микробиологии Академии наук Китайской Народной Республики, а также с международными организациями — Агентством по радиации и радиационной безопасности (МАГАТЭ) и Международным научно-техническим центром.